Приказом Федеральной антимонопольной службы (ФАС России) от 27 апреля 2016 года Армен Ханян назначен и.о. руководителя Управления Федеральной антимонопольной службы по г. Москве (Московского УФАС России).
В Федеральной антимонопольной службе Ханян работает с 2008 года. В 2010 году назначен на должность заместителя начальника Управления контроля иностранных инвестиций.
С 2012 года работает в должности начальника Управления контроля иностранных инвестиций.