Московский НПЗ первым из нефтеперерабатывающих заводов России завершил ликвидацию всех исторически накопленных нефтесодержащих отходов. Таким образом, предприятие выполнило это требование на три года раньше нормативного срока.
В 2011 году "Газпром нефть" начала масштабную модернизацию Московского НПЗ, которая предусматривает широкий ряд мероприятий в области охраны окружающей среды, в том числе ликвидацию объектов "исторического наследия" таких, как буферный пруд и аварийный амбар, а также демонтаж старых очистных сооружений
На ликвидацию отходов, накопленных в предыдущие годы, МНПЗ направил почти 1,3 млрд руб., еще около 1,2 млрд руб. потребовалось на демонтаж старых очистных сооружений. В результате освобождено порядка 15 га территории предприятия, проведена рекультивация загрязненных грунтов. В 2012 году построены новые современные механические очистные сооружения закрытого типа. В октябре 2015 года началось строительство биологических очистных сооружений "Биосфера".
"Полная ликвидация исторически накопленных нефтесодержащих отходов — важный этап в ходе экологических преобразований на Московском НПЗ. На предприятии в буквальном смысле не осталось ни одного черного пятна", — говорит начальник управления промбезопасности и охраны окружающей среды МНПЗ Юрий Ерохин.
Демонтаж открытых очистных сооружений, наряду с ликвидацией накопленных отходов, позволит МНПЗ снизить поступление вредных веществ в атмосферу на 79% от этих источников.
Использовалось несколько технологий утилизации, в основном применялся метод биологической деструкции или биоремедиации. Согласно принятой технологии обезвреживания на площадку для утилизации поступали отходы, подлежащие обработке биологическим способом с применением биопрепарата и добавлением питательных минеральных солей, а также торфа. Данный способ подразумевает использование микроорганизмов, которые расщепляют углеводороды, входящие в нефтешламы. В результате образуется грунт, который можно применять для формирования ландшафта, подсыпки или создания клумб.
Данные грунты применялись предприятием для благоустройства территории в качестве подложки под газонную траву. Грунты использовались только для собственных нужд предприятия на основании имеющегося заключения государственной экологической экспертизы.