В 1969 г. окончил Иркутский государственный университет по специальности инженер-геолог. Затем работал в комплексных геологоразведочных экспедициях — Ягоднинской, Багдаринской, Берелехской, Анадырской, Восточно-Чукотской. В 1986 г. А.Е. Наталенко возглавил Северо-Восточное производственное геологическое объединение, а в 1992 г. был избран президентом АО "Магаданская золото-серебряная компания". В дальнейшем занимал различные руководящие постыв геологических организациях в России и за рубежом. С 1996 по 2001 гг. — занимал пост Заместителя Министра природных ресурсов Российской Федерации. Является членом Совета директоров ЗАО ГК "ВЕРТЕКС". С 2004 года по настоящее время А.Е. Наталенко является Председателем Совета директоров ОАО "НОВАТЭК", Членом Комитета по корпоративному управлению и компенсациям и Членом Комитета по аудиту Совета директоров ОАО "НОВАТЭК". А.Е. Наталенко — лауреат Государственной премии Российской Федерации, ему присвоено звание заслуженного геолога России.